宏基因组测序:
- 浓度>=50ng/ul
- OD260/280:1.8-2.0
- DNA两次需要量>=3ug
宏基因组测序需要提供什么样品要求?
(1)提供环境微生物的基因组DNA或者扩增产物,OD值在1.8~2.0 之间;样品浓度大于30 ng/ul;每次样品制备需要10μg样品,如果需要多次制备样品,则需要样品总量=制备样品次数*10 ug。
(2)DNA样品请置于-20℃保存;请提供DNA样品具体浓度、体积、制备时间、溶剂名称。请同时附上QC数据,包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。
(3)样品请置于1.5 ml管中,管上注明样品名称、浓度以及制备时间,管口使用Parafilm封口。建议使用干冰运输,并且尽量选用较快的邮递方式,以降低运输过程中样品降解的可能性。
采用Solexa进行宏基因组测序,测序文库构建方法及质量控制如何?
答:采用Solexa进行宏基因组 DNA测序,首先对特定环境微生物种群全基因组DNA进行提取。在提取微生物种群的DNA后制备DNA文库,具体步骤如下:
(1)将DNA随机打断成 200-500bp的片段;
(2)对DNA末端进行修复;
(3)将“A”碱基加入到DNA片段的3’末端;
(4)在DNA片段的末端加上接头;
(5)纯化连接产物;
(6)PCR扩增连上接头的DNA片段;
(7)检测测序文库。